Ocena użytkowników: 4 / 5

Gwiazdka aktywnaGwiazdka aktywnaGwiazdka aktywnaGwiazdka aktywnaGwiazdka nieaktywna
 

Poniżej jest artykuł, zainspirowany pytaniem od Wiciu666 z wykopu, który zadaje pytania:

"Mnie najbardziej ciekawi, czy z tych danych da się potwierdzić lub zaprzeczyć:
1. naturalne pochodzenie wirusa
2. naturalne pochodzenie wirusa, ale z przeskokiem z innego gatunku
3. sztuczne pochodzenie wirusa
3a - pochodzenie z usa
3b - chinskiej produkcji
3b1 celowe uwolnienie
3b2 uwolnienie przez przypadek, niechlujstwo, wypadek
generalnie za pkt.3 przemawiają:
- znalezione sekwencje pochodzące (lub przypominające) z wirusa grypy/HIV/SARS
- czas wybuchu epidemii w okolicach chinskiego nowego roku"

 

Spróbujmy, odpowiedzieć na te pytania, korzystając z wiedzy naukowej opartej na sekwencji genomu i modelowaniu molekularnym (molnet.eu). Tak więc zaczynam. Przy okazji pokażę jak dojść do wiedzy, aby w przyszłości każdy mógł sam przeanalizować dowolny przypadek. 12 lutego wirus ten nazwano SARS-CoV-2, chorobę przez niego powodującą COVID-19.

W Bioinformatyce sekwencje genomu czy białek są bardzo ważne, ponieważ można na podstawię nich szukać i tworzyć kolejne cząsteczki lub znajdować informację. Bioinformatyka obecnie jest na wielu uczelniach, sam nie jestem specjalistą (raczej jestem pasjonatem od ab initio - modelowania molekularnego cząsteczek, więcej znajdziesz na molnet.eu), ale to są podstawy, więc wytłumaczę:

Zaczynamy od poszukiwania informacji o wirusie, na stronie

National Center for Biotechnology Information. NCBI przechowuje genetyczne sekwencje nukleotydowe (w bazie GenBank) oraz bazy artykułów biomedycznych (PubMed i PubMed Central), a także inne informacje dotyczące biotechnologii. Wszystkie te bazy danych są dostępne w sieci przez wyszukiwarkę www.ncbi.nlm.nih.gov

Udało się znaleźć, punkt zaczepienia nasz genom wirusa ma: GenBank: MN908947.3

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947

 

 

Mamy naszą sekwencje,!!

 

Patrzymy teraz czy sekwencja naszego wirusa jest podobna do któregoś ze znanych wirusów (grypa, HIV, SARS)

 

 aby to zobaczyć, klikamy po prawej stronie: Analyze this sequence,    Run BLAST

wybieramy, standardowy algorytm i klikamy na przycisk BLAST. (Blast to takie narzędzie, dzięku któremu możemy w przeglądarce przeszukać baze pod różnymi kontami my szukamy podobieństwo, trwa to kilka minut) mamy wyniki 100 znaleziono:

 

możemy to zaprezentować jako drzewo filogeniczne z którego będziemy widzieli powiązania:

możemy zobaczyć to na wykresie sekwencje w których gołym okiem widać podobieństwa:

ale, pochylmy się nad wynikami

Wirusym które 99% są podobne to w nazwie mają Wuhan... i sa tą samą rodziną. Prawdopodobnie mutacja samoczynna. Ciekawe są informacje, że wirusy były wysyłane przez, cztery grupy:

  • Submitted (...-JAN-2020) State Key Laboratory of Virology, Wuhan  University, Bayi Road, Wuchang District, Wuhan, Hubei 430072, P.R. China
  • Submitted (..-JAN-2020) 1 Haiyuan 1st Road, Futian District, The University of Hong Kong- Shenzhen Hospital, Shenzhen, Guangdong, China
  • Submitted (..-JAN-2020) Division of Viral Diseases, Centers for   Disease Control and Prevention, 1600 Clifton Rd, Atlanta, GA 30333, USA (Najwięcej)
  • Submitted (...-JAN-2020) Shanghai Public Health Clinical Center &   School of Public Health, Fudan University, Shanghai, China

reszta świata wydaje się, ze nie istnieje w badaniach albo nie publikuje wyników, ale nie ma materiału do badań.

 

Mamy grupę tego samego wirusa, zobaczmy kolejne, które są najbliższe.

 Bat SARS-like coronavirus isolate bat-SL-CoVZC45, complete genome
    28811     37654     99%     0.0    87.99%     MG772933.1
Select seq KY417146.1     Bat SARS-like coronavirus isolate Rs4231, complete genome
    24548     26524     99%     0.0    80.70%     KY417146.1
Select seq MG772934.1     Bat SARS-like coronavirus isolate bat-SL-CoVZXC21, complete genome
    23953     37543     98%     0.0    87.23%     MG772934.1  (bold :

Czyli to, co mówią, że rodzina wirusów BAT SARS (Bat od batman ;), człowiek NIETOPERZ)

WIkipedi na temat bat SARS możemy przeczytać: Koronawirus WIV1 przypominający SARS nietoperza (Bat SL-CoV-WIV1), czasem nazywany również koronawirusem WOR1 podobnym do SARS, jest nowo zidentyfikowanym CoV izolowanym od chińskich nietoperzy podkowiastych. Odkrycie potwierdza, że nietoperze są naturalnym rezerwuarem wirusa SARS. Analiza filogenetyczna pokazuje możliwość bezpośredniego przenoszenia SARS z nietoperzy na ludzi. Jest to betakoronawirus RNA o pojedynczej nici, otoczony positive-sense RNA.
Najciekawsze jest to, że cytują prace z 2013 roku (Xing-Yi Ge; Jia-Lu Li; Xing-Lou Yang; et al. (2013). "Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor". Nature. 503 (7477): 535–8. doi:10.1038/nature12711), w której wspomina się, że powinno badać się patogeny wirusowe u zwierząt aby zapobiec pandemii. Przypuszczenia takie byly w pracach powiływanych w tej pracy i które były już w 2003 roku.

Publikacja w Nature była przez naukowców:

1Center for Emerging Infectious Diseases, State Key Laboratory of Virology, Wuhan Institute of Virology of the Chinese Academy of Sciences, Wuhan 430071, China
2EcoHealth Alliance, New York, NY 10001, USA
3One Health Institute, School of Veterinary Medicine, University of California, Davis, CA, USA
4CSIRO Australian Animal Health Laboratory, Geelong 3220, Australia
5College of Life Sciences, East Normal University, Shanghai 200062, China
6Program in Emerging Infectious Diseases, Duke-NUS Graduate Medical School, Singapore 169857
czyli o tym wiedział cały świat.
 
Popatrzmy zatem na nasze wirusy BAT-SARS, kiedy i jakie grupy zdeponowały go:
  • Submitted (05-JAN-2018) Institute of Military Medicine Nanjing  Command, Nanjing, Institute of Military Medicine Nanjing Command,        Nanjing, NO. 293 East Zhongshan Road, Nanjing, JangSu 210002, China
  • Submitted (30-DEC-2016) CAS Key Laboratory of Special Pathogens and            Biosafety and Center for Emerging Infectious Diseases, Wuhan             Institute of Virology, Chinese Academy of Sciences, No. 44 Xiao             Hong Shan, Wuhan, Hubei 430071, China

Widać, że dobre laboratoria oraz bezpieczne, w tym z miasta Wuhan, od którego się to zaczęło, dlatego dziennikarze oskarżają laboratorium z Wuhan, że coś mieli do czynienia. Ja uważam, że nie ma podstaw. W publikacji w Nature oraz w (Science 2005, Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses) można odnaleźć informacje, że te koronowirusy pochodziły od dzikich zwierząt złapanych w chinach. Jeżeli naukowcy złapali i zbadali, to wciąż pozostawały zwierzęta zakażone na wolności. W którymś momencie musiało dojść do przeniesienia. To tak samo, jeżeli w Polsce jakieś laboratorium badało by Borelioze, a potem któraś odmiana była by śmiertelna - czy było to dowód, że to oni rozprzestrzenili - NIE, bardziej prawdopodobny jest, że z natury przywędrowało.

 

Idźmy dalej w poszukiwaniu podobnych wirusów, reszta to rodzina SARS...

 

  Coronavirus BtRs-BetaCoV/YN2018C, complete genome
    17514     26500     96%     0.0    81.45%     MK211377.1
Select seq KY417148.1     Bat SARS-like coronavirus isolate Rs4247, complete genome
    17510     26591     97%     0.0    81.44%     KY417148.1
Select seq MK211375.1     Coronavirus BtRs-BetaCoV/YN2018A, complete genome
    17486     26493     96%     0.0    81.43%     MK211375.1
Select seq KY417142.1     Bat SARS-like coronavirus isolate As6526, complete genome
    17484     26475     97%     0.0    81.42%     KY417142.1
Select seq MK211378.1     Coronavirus BtRs-BetaCoV/YN2018D, complete genome
    17485     26634     96%     0.0    81.41%     MK211378.1
Select seq KY417145.1     Bat SARS-like coronavirus isolate Rf4092, complete genome
    17484     26324     95%     0.0    81.40%     KY417145.1
Select seq JX993988.1     Bat coronavirus Cp/Yunnan2011, complete genome
    17439     25864     96%     0.0    81.37%     JX993988.1
Select seq KJ473814.1     BtRs-BetaCoV/HuB2013, complete genome
    17420     26374     97%     0.0    81.26%     KJ473814.1
Select seq JX993987.1     Bat coronavirus Rp/Shaanxi2011, complete genome
    17293     25963     95%     0.0    81.12%     JX993987.1
Select seq KJ473813.1     BtRf-BetaCoV/SX2013, complete genome
    17246     25575     94%     0.0    81.07%     KJ473813.1
Select seq KJ473816.1     BtRs-BetaCoV/YN2013, complete genome
    17582     25739     94%     0.0    81.07%     KJ473816.1
Select seq KF294457.1     SARS-related bat coronavirus isolate Longquan-140 orf1ab polyprotein, spike glycoprotein, envelope protein, membrane protein, and nucleocapsid protein genes, complete cds
    17219     27627     97%     0.0    81.06%     KF294457.1
Select seq KJ473812.1     BtRf-BetaCoV/HeB2013, complete genome
    17213     25495     94%     0.0    81.03%     KJ473812.1
Select seq KY770860.1     Bat coronavirus isolate Jiyuan-84, complete genome
    17189     25675     94%     0.0    81.00%     KY770860.1
Select seq MK211374.1     Coronavirus BtRl-BetaCoV/SC2018, complete genome
    17161     26012     97%     0.0    80.98%     MK211374.1
Select seq GQ153542.1     Bat SARS coronavirus HKU3-7, complete genome
    17152     26206     97%     0.0    80.96%     GQ153542.1
Select seq GQ153543.1     Bat SARS coronavirus HKU3-8, complete genome
    17147     26139     97%     0.0    80.95%     GQ153543.1
Select seq DQ648856.1     Bat coronavirus (BtCoV/273/2005), complete genome
    17126     25684     95%     0.0    80.93%     DQ648856.1
Select seq DQ412042.1     Bat SARS coronavirus Rf1, complete genome
    17126     25694     95%     0.0    80.93%     DQ412042.1
Select seq KF294456.1     SARS-related bat coronavirus isolate Jiyuan-331 orf1ab polyprotein gene, complete cds
    17086     18940     71%     0.0    80.90%     KF294456.1
Select seq GQ153547.1     Bat SARS coronavirus HKU3-12, complete genome
    17075     26131     97%     0.0    80.86%     GQ153547.1
Select seq GQ153546.1     Bat SARS coronavirus HKU3-11, complete genome
    17035     26091     97%     0.0    80.84%     GQ153546.1
Select seq GQ153548.1     Bat SARS coronavirus HKU3-13, complete genome
    17031     26047     97%     0.0    80.83%     GQ153548.1
Select seq GQ153545.1     Bat SARS coronavirus HKU3-10, complete genome
    17026     26082     97%     0.0    80.83%     GQ153545.1
Select seq GQ153544.1     Bat SARS coronavirus HKU3-9, complete genome
    17022     26078     97%     0.0    80.82%     GQ153544.1
Select seq FJ211859.1     Recombinant coronavirus clone Bat SARS-CoV, complete sequence
    17042     26171     97%     0.0    80.81%     FJ211859.1
Select seq DQ084199.1     bat SARS coronavirus HKU3-2, complete genome
    17037     26108     97%     0.0    80.81%     DQ084199.1
Select seq GQ153540.1     Bat SARS coronavirus HKU3-5, complete genome
    17033     26093     97%     0.0    80.80%     GQ153540.1
Select seq GQ153539.1     Bat SARS coronavirus HKU3-4, complete genome
    17033     26099     97%     0.0    80.80%     GQ153539.1
Select seq GQ153541.1     Bat SARS coronavirus HKU3-6, complete genome
    17023     26101     97%     0.0    80.80%     GQ153541.1
Select seq DQ022305.2     Bat SARS coronavirus HKU3-1, complete genome
    17028     26159     97%     0.0    80.79%     DQ022305.2
Select seq DQ084200.1     bat SARS coronavirus HKU3-3, complete genome
    17028     26143     97%     0.0    80.79%     DQ084200.1
Select seq KY417146.1     Bat SARS-like coronavirus isolate Rs4231, complete genome
    24548     26524     99%     0.0    80.70%     KY417146.1
Select seq MK211376.1     Coronavirus BtRs-BetaCoV/YN2018B, complete genome
    21788     26598     99%     0.0    80.31%     MK211376.1
Select seq AY395003.1     SARS coronavirus ZS-C, complete genome
    22341     26553     98%     0.0    80.30%     AY395003.1
Select seq AY394996.1     SARS coronavirus ZS-B, complete genome
    22341     26585     98%     0.0    80.30%     AY394996.1
Select seq GU190215.1     Bat coronavirus BM48-31/BGR/2008, complete genome
    15947     22279     90%     0.0    80.30%     GU190215.1
Select seq AY390556.1     SARS coronavirus GZ02, complete genome
    22323     26531     98%     0.0    80.29%     AY390556.1
Select seq AY394999.1     SARS coronavirus LC2, complete genome
    22244     26478     98%     0.0    80.28%     AY394999.1
Select seq AY278554.2     SARS coronavirus CUHK-W1, complete genome
    22318     26562     98%     0.0    80.28%     AY278554.2
Select seq AY304488.1     SARS coronavirus SZ16, complete genome
    22325     26512     98%     0.0    80.28%     AY304488.1
Select seq AY394983.1     SARS coronavirus HSZ2-A, complete genome
    22314     26524     98%     0.0    80.28%     AY394983.1
Select seq AY394985.1     SARS coronavirus HSZ-Bb, complete genome
    22317     26258     97%     0.0    80.28%     AY394985.1
Select seq AY864806.1     SARS coronavirus BJ202, complete genome
    22309     26567     98%     0.0    80.28%     AY864806.1
Select seq AY394992.1     SARS coronavirus HZS2-C, complete genome
    22309     26549     98%     0.0    80.28%     AY394992.1
Select seq EU371559.1     SARS coronavirus ZJ02, complete genome
    22305     26526     98%     0.0    80.28%     EU371559.1
Select seq AY283796.1     SARS coronavirus Sin2679, complete genome
    22305     26505     98%     0.0    80.28%     AY283796.1
Select seq AY394978.1     SARS coronavirus GZ-B, complete genome
    22271     26445     98%     0.0    80.27%     AY394978.1
Select seq AY394994.1     SARS coronavirus HSZ-Bc, complete genome
    22312     26556     98%     0.0    80.27%     AY394994.1
Select seq AY394993.1     SARS coronavirus HGZ8L2, complete genome
    22305     26549     98%     0.0    80.27%     AY394993.1
Select seq AY394991.1     SARS coronavirus HZS2-Fc, complete genome
    22305     26549     98%     0.0    80.27%     AY394991.1
Select seq AY394989.1     SARS coronavirus HZS2-D, complete genome
    22305     26549     98%     0.0    80.27%     AY394989.1
Select seq AY394987.1     SARS coronavirus HZS2-Fb, complete genome
    22305     26533     98%     0.0    80.27%     AY394987.1
Select seq AY278741.1     SARS coronavirus Urbani, complete genome
    22300     26515     98%     0.0    80.27%     AY278741.1
Select seq AY559093.1     SARS coronavirus Sin845, complete genome
    22300     26493     98%     0.0    80.27%     AY559093.1
Select seq AY291451.1     SARS coronavirus TW1, complete genome
    22300     26518     98%     0.0    80.27%     AY291451.1
Select seq AY502923.1     SARS coronavirus TW10, complete genome
    22300     26518     98%     0.0    80.27%     AY502923.1
Select seq AY427439.1     SARS coronavirus AS, complete genome
    22300     26500     98%     0.0    80.27%     AY427439.1
Select seq AP006561.1     SARS coronavirus TWY genomic RNA, complete genome
    22300     26515     98%     0.0    80.27%     AP006561.1
Select seq KT444582.1     SARS-like coronavirus WIV16, complete genome
    21776     26529     99%     0.0    80.27%     KT444582.1
Select seq AY304486.1     SARS coronavirus SZ3, complete genome
    22311     26512     98%     0.0    80.27%     AY304486.1
Select seq AY394986.1     SARS coronavirus HSZ-Cb, complete genome
    22308     26519     98%     0.0    80.27%     AY394986.1
Select seq AY323977.2     SARS coronavirus HSR 1, complete genome
    22298     26555     98%     0.0    80.27%     AY323977.2
Select seq DQ898174.1     SARS coronavirus strain CV7, complete genome
    22296     26553     98%     0.0    80.27%     DQ898174.1
Select seq AY502928.1     SARS coronavirus TW5, complete genome
    22296     26514     98%     0.0    80.27%     AY502928.1
Select seq AY394998.1     SARS coronavirus LC1, complete genome
    22296     26540     98%     0.0    80.27%     AY394998.1
Select seq AY282752.2     SARS coronavirus CUHK-Su10, complete genome
    22296     26540     98%     0.0    80.27%     AY282752.2
Select seq JX163924.1     SARS coronavirus isolate Tor2/FP1-10851, complete genome
    22293     26407     98%     0.0    80.27%     JX163924.1
Select seq AY394995.1     SARS coronavirus HSZ-Cc, complete genome
    22303     26547     98%     0.0    80.27%     AY394995.1
Select seq JX163928.1     SARS coronavirus isolate Tor2/FP1-10895, complete genome
    22295     26409     98%     0.0    80.26%     JX163928.1
Select seq JX163926.1     SARS coronavirus isolate Tor2/FP1-10912, complete genome
    22295     26409     98%     0.0    80.26%     JX163926.1
Select seq AY502926.1     SARS coronavirus TW3, complete genome
    22293     26508     98%     0.0    80.26%     AY502926.1
Select seq JQ316196.1     SARS coronavirus HKU-39849 isolate UOB, complete genome
    22291     26506     98%     0.0    80.26%     JQ316196.1
Select seq AY274119.3     Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus isolate Tor2, complete genome
    22291     26549     98%     0.0    80.26%     AY274119.3
Select seq AY357075.1     SARS coronavirus PUMC02, complete genome
    22291     26543     98%     0.0    80.26%     AY357075.1
Select seq AY502927.1     SARS coronavirus TW4, complete genome
    22290     26508     98%     0.0    80.26%     AY502927.1
Select seq AY485278.1     SARS coronavirus Sino3-11, complete genome
    22287     26528     98%     0.0    80.26%     AY485278.1
Select seq JX163927.1     SARS coronavirus isolate Tor2/FP1-10851, complete genome
    22290     26404     98%     0.0    80.26%     JX163927.1
Select seq JX163923.1     SARS coronavirus isolate Tor2/FP1-10912, complete genome
    22290     26404     98%     0.0    80.26%     JX163923.1
Select seq FJ882963.1     SARS coronavirus P2, complete genome
    22284     26435     98%     0.0    80.26%     FJ882963.1
Select seq JX163925.1     SARS coronavirus isolate Tor2/FP1-10895, complete genome
    22289     26403     98%     0.0    80.25%     JX163925.1
Select seq EU371564.1     SARS coronavirus BJ182-12, complete genome
    22244     26457     98%     0.0    80.25%     EU371564.1
Select seq EU371563.1     SARS coronavirus BJ182-8, complete genome
    22260     26477     98%     0.0    80.24%     EU371563.1
Select seq EU371561.1     SARS coronavirus BJ182b, complete genome
    22260     26477     98%     0.0    80.24%     EU371561.1
Select seq EU371560.1     SARS coronavirus BJ182a, complete genome
    22260     26477     98%     0.0    80.24%     EU371560.1
Select seq EU371562.1     SARS coronavirus BJ182-4, complete genome
    22251     26468     98%     0.0    80.23%     EU371562.1
Select seq KY352407.1     Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus strain BtKY72, complete genome
    15872     22431     93%     0.0    80.19%     KY352407.1

To tyle udało się wyczytać z seqwencji. Czyli podsumowująć publikacje:

 

  • Wirus jest naturalny,
  • bardzo podobne wirusy były znane już od 2003/2013 i pochodziły od zwierząt -nietoperzy
  • -naukowcy juz od 2003/2013 ostrzegali, że może się rozprzestrzenić na ludzi.
  • Region pochodzenia wirusa to Chiny, dystrykt Wuhan - czyli tam gdzie wybuchła epidemia.
  • Wirus nie przypomina HIV ani grypy, mimo że do tej ostatniej jest podobny objawowo.
  • Wimy dlaczego wirus nazywa się SARS-CoV-2, ponieważ jest mu najbliżej do tego wirusa w grupie, nie do MERS tylko do SARS

    Dzisiaj, jeszcze pojawi się analiza patentowa!!!, jest bardziej ciekawsza i mówi nam co "pieniądze" oraz własność intelektualna uczyniła z wirusem.... Dla mnie bomba.



    Otwarte Innowacje są czasopismem, które prowadzone jest z pasji do nauki. Dlatego, jeżeli się podobało to proszę o wsparcie - w zamian oferuję raport, szkolenia, analizę danych. Unikając opłat związanych z portalami zbierającymi zrzutki, prosze o nabycie w sklepie wybranego produktu.

  

 

 

jak masz ochotę rozwijać analize zapraszamy ;)

Komentarze obsługiwane przez CComment