Ion Current Analyser v.2.0 (ICA) – narzędzie do analizy wyników symulacji transportów jonów przez nanopory
Wojciech Cichowski, Monika Kurczyńska
Symulacje transportu jonów przez białka transmembranowe pozwalają lepiej zrozumieć szereg procesów fizjologicznych, związanych z sygnalizacją komórkową i transportem cząsteczek za pośrednictwem nanoporów w błonie komórkowej. Dzięki temu możliwe staje się kontrolowanie podobnych procesów i fakt ten wykorzystywany jest przy opracowywaniu nowych metod leczenia chorób, u podstaw których leży nieprawidłowe funkcjonowanie określonych kanałów jonowych.
Wiodącym programem, umożliwiającym przeprowadzanie symulacji ruchu jonów, jest GCMC/BD Ion Simulator [2], działający w oparciu o algorytmy Dynamiki Browna i Grand Canonical Monte Carlo. Operacje wykonywane przez program dzielą się na kilka etapów. W rezultacie otrzymuje się pliki zawierające informacje o wynikach symulacji oraz o warunkach, przy których dana symulacja została przeprowadzona. Jednak wszystkie dane, zawarte w wygenerowanych plikach, zapisane są w sposób niewygodny do interpretacji. Aby w znacznym stopniu uprościć i przyspieszyć etap analizy uzyskiwanych wyników, zaprojektowany został program Ion Current Analyser v.2.0 (ICA). Zaimplementowany w środowisku programistycznym MATLAB, wyposażony został w graficzny interfejs, który umożliwia przejrzystą prezentację parametrów charakteryzujących właściwości badanych nanoporów.
Rola użytkownika ogranicza się do wskazania plików z wynikami, z których każdy dotyczy jednej z szeregu symulacji przeprowadzanych dla danego białka, przy różnych ustawieniach napięcia transmembranowego bądź różnych stężeniach jonów po obu stronach błony. Parametry, jakie ICA odczytuje z plików, to charakterystyki jonów (rodzaj, ładunek, współczynnik dyfuzji, parametry potencjału LennardaJonesa, stężenia zewnątrz i wewnątrzkomórkowe cząsteczek) oraz najważniejsze wartości napięcia transbłonowego oraz wartości natężenia prądów jonowych. Na podstawie tych informacji program generuje wykresy zależności prądowonapięciowych, wyświetla informacje o jonach, których przepływ był symulowany oraz wyznacza parametry charakteryzujące białko transmembranowe, takie jak konduktancja, selektywność i prostowanie, dla różnych wariantów potencjałów transbłonowych. Wszystkie te wielkości zostają zestawione w tabelach i innych panelach interfejsu graficznego.
Program umożliwia eksport do plików zarówno wartości wszystkich wyliczonych parametrów jak i wygenerowanych wykresów. Rozwiązanie to zapewnia
Dalsza część Artykułu dostępna jest w postaci PDF po zalogowaniu się 1-2/2013
Napisz komentarz (0 Komentarzy)Słowniczek: Broker technologii
W obecnym czasie dociera do nas masa informacji. Tylko odpowiednia ich selekcja oraz wyszukiwanie pozwala na prawidłowy rozwój podmiotów innowacyjnych stawiających na rozwój technologii. Stąd w ostatnim czasie bardzo popularny jest zawód brokera technologii, zawód który w Europie należy do standardów tak jak inżynier czy menedżer. W związku z wzrastającymi potrzebami rynkowymi oraz wzrastającą ilością doktorów nauk ścisłych w Polsce zawód brokera technologii staje się coraz bardziej interesujący dla ludzi chcących się rozwinąć.
Kim jest Broker Technologii?
Jest to człowiek wykształcony, z umiejętnościami zdobywania i selekcjonowania informacji na temat technologii.
Różnica między ekspertem a brokerem technologii polega na szerszym widzeniu zadania. Ekspert najczęściej skupia się na wybranych aspektach. Broker technologii musi uwzględniać różne aspekty w tym obecność na rynku technologii konkurencyjnych czy możliwość wdrażania. Broker współpracuje z ekspertami. Szerokie doświadczenie oraz wiedza jego umożliwia dobór i ocenę technologii lub znalezienia odbiorców na opracowane technologie.
Czym się zajmuje Broker Technologii?
Jest to osoba odpowiedzialna za pozyskiwanie i przetwarzanie informacji od naukowców, grup badawczych, przedsiębiorców jak i również z domeny publicznej (publikacji, czasopism, prasy branżowej, konferencji, targów, warsztatów itp.).
Najczęstsze zadnia brokera technologii:
- przegląd obecnego stanu techniki dla zadanej technologii,
- wyszukanie odbiorców dla opracowanych technologii lub wyszukanie technologii dla odbiorców,
- wyszukiwanie naukowców, grup badawczych mogących się podjąć opracowania, dostosowania, ulepszenia technologii,
- proponowanie rozwiązań, ulepszeń technologicznych,
- proponowanie zastosowania nowych technologii rozszerzających spektrum oferowanych usług przez firmę.
Ponadto bardzo często brokerzy technologii są odpowiedzialni za:
- współpracę z zespołami badawczymi w celu budowanie portfela kompetencji jednostek naukowych, określenia produktów badań,
- analizę rynku, budowanie relacji z przedsiębiorcami,
- pomoc w komercjalizacji,
- pomoc w zakresie przeglądu stanu techniki będącego podstawą do zgłoszenia patentowego (ochrony patentowej),
- prowadzenie projektów na etapie pre-inkubacji.
Kluczowe kompetencje brokera technologii
- otwartość, kojarzenie informacji, kreatywność,
- łatwość nawiązywania kontaktów,
- wiedza techniczna,
- wiedza na temat ochrony własności intelektualnej, aspektów komercjalizacji, aspektów prawnych,
- specjalizacja w danym obszarze,
- podejście handlowe i menedżerskie.
Aktualne potrzeby rynku na brokerów technologii
W związku z dużymi inwestycjami w R&D w Polsce oraz zainteresowaniami inwestorów w spółki technologiczne lub wprowadzanie ulepszeń technologicznych poszukuje się wykształconych ludzi. Obszary działania brokerów technologii to: nanotechnologia, inżynieria materiałowa, inżynieria medyczna, energetyka, biotechnologia, medycyna, farmacja, bioinżynieria, informatyka, technologia chemiczna, kosmetyka, technologia spożywcza, oraz obszary interdyscyplinarne łączące wymienione zagadnienia.
Artykuł Dostępny w numerze 1/2012
Napisz komentarz (0 Komentarzy)Słowo wstępu
Szanowni Państwo
Przed nami drugi numer czasopisma Otwarta Innowacja Open Innovation oraz duże zmiany w czasopiśmie. Wydanie 1/2 2012, cieszyło się dużą popularnością, pokazało nam także pewne aspekty, na których chcielibyśmy się skupić. A oto zmiany, które nastąpiły:
- stawiamy na młodych i prezentujemy ich osiągnięcia z prac dyplomowych, badawczych,
- wprowadzamy większą liczbę wywiadów poruszających sytuacje bieżące,
- dział analizę opłacalności inwestycji umieszczamy w każdym numerze,
- staramy się tworzyć nowe pomysły i szukać inwestorów oraz wykonawców,
- czasopismo jest prowadzone wciąż przez Fundacja Rozwoju Nauki i Biznesu w obszarze Nauk Medycznych i Ścisłych, ale wsparcie w prowadzeniu czasopisma udziela spółka RootInnovation, która w ubiegłym roku została Liderem Innowacji na Dolnym Śląsku,
- zmieniamy adres strony internetowej tak, aby łatwiej można było zapamiętać nazwę www.otwarta-innowacja.pl
- jesteśmy otwarci na Wasze sugestie i pytania,
- powracamy do regularnego publikowania, co kwartał Mam nadzieje, że te zmiany zaowocują i zyskamy jeszcze lepszą pozycję wśród czasopism innowacyjnych na świecie.
Pozdrawiam i zapraszam do lektury
Marek Doskocz
Napisz komentarz (0 Komentarzy)Projekt Radioactive@Home
Ocena użytkowników: 5 / 5
Projekt Radioactive@Home tworzony przez członków drużyny BOINC@Poland ma za zadanie stworzyć globalną mapę promieniowania gamma obejmującą jak największy obszar świata za pomocą czujników promieniowania podłączonych do komputerów i działających przy wykorzystaniu platformy BOINC. W projekt Radioactive@Home zaangażowanych jest kilkanaście osób, z których warto wymienić p. Ryszarda Korczyka, obecnie główny konstruktor, p. Sławomira Rzeźnickiego, który ma pod swoją profesjonalną opieką serwer i oprogramowanie projektu, p. Michała Szoplika oraz Marcina Sędzikowskiego, bez których nigdy niepowstały by pierwsze wersje czujek. Również inne osoby miały ogromny wpływ na powstanie i funkcjonowanie projektu. Projekt jest całkowicie niekomercyjny, udział w projekcje jest bezpłatny (z wyłączeniem kosztów detektora). A oprogramowanie będzie publikowane na licencji GNU General Public License (GPL).
Dalsza część artykułu w wersji PDF po zalogowaniu się 1-2/2013
Napisz komentarz (0 Komentarzy)Niezależne źródło informacji o skażeniu radiologicznym, które można mieć w domu
Ocena użytkowników: 5 / 5
Wywiad z Krzysztofem Piszczekiem
Poziom radiacji w Polsce i na świecie od czasu do czasu jest przedmiotem zainteresowania społeczeństwa. Ostatni przypadek „plotki", która obeszła całą Polskę oraz spekulacji w łatwy sposób wywołał panikę lub przynajmniej odciągnął zainteresowanie od spraw bieżących. Nie komentowanie tego solidnie w mediach, a także pokazywanie zbiegów okoliczności na stronach, np.: chwilowy brak dostępu do strony Polskiej Agencji Atomistyki, pokazywanie stron internetowych w chwili konserwacji aparatury pomiarowej Instytut Fizyki UMCS, pamięć o awarii w Czarnobylu sprawia, że społeczeństwo nie czuje się pewnie. Dlatego zdecydowaliśmy się na przeprowadzenie wywiadu z Panem Krzysztofem Piszczekiem, który jest zaangażowany w projekt Radioactive@Home
Witam Pana i dziękuję serdecznie za możliwość przeprowadzenia wywiadu, mimo pobytu zagranicą. Proszę mi opowiedzieć genezę powstawania projektu Radioactive@Home.
KP: Idea stworzenia niezależnego projektu pozwalającego mierzyć bieżące promieniowanie radioaktywne w powietrzu narodziła się na fali wydarzeń związanych z katastrofą elektrowni atomowej Fukushima. Niestety nie wszystkie rządy informują obywateli o skażeniu w sposób wystarczająco szybki i otwarty, dlatego w ramach drużyny BOINC@Poland zdecydowaliśmy się na utworzenie całkowicie niezależnej platformy informującej o skażeniach o zasięgu globalnym.
Założenie projektu jest bardzo innowacyjne ponieważ skraca obieg informacji z dotychczasowego: Instytut badawczy → jednostki rządowe/decydujące → media → ludzie i uniemożliwia sterowanie informacjami. Czy nie boicie się Państwo konsekwencji prawnych – jeżeli takie są – za pomoc w ujawnieniu skażenia. Z tego co wiem są określone ustawy, rozporządzenia definiujące obieg informacji, które nakazują wyżej wymieniony obieg informacji.
KP: Nasz projekt w żaden sposób nie narusza polskiego prawa. Wszystkie pozyskiwane przez nas i udostępniane dane pochodzą od wolontariuszy, nie korzystamy z żadnego finansowania ze strony państwa i w związku z tym dane te są własnością naszą oraz osób je udostępniających. Generalnie wychodzimy z założenia, że rzad nie ma uprawnień do regulowania dostępu do informacji, które udostępniamy i które potencjalnie mogą ratować życie (choć oczywiście najprawdopodobniej nigdy taka sytuacja nie nastąpi).
Na czym polega pomiar? Z tego co widzę skupiacie się państwo na pomiarze ogólnym promieniowania radiologicznego, a nie składu izotopowego, jest to szybsze, tańsze, ale uniemożliwia określenie typu skażenia (dla informacji dla czytelników podam, że wybuch jądrowy, czy awaria elektrowni jądrowej ma inny profil skażenia izotopami).
KP: Jednym z głównych założeń naszego projektu było i jest stworzenie czujnika, którego cena będzie jak najniższa. Ma to na celu umożliwienie zakupu bądź budowy tego czujnika przez osoby o jak najniższych dochodach zamieszkujących np. kraje o niskim średnim dochodzie. Z punktu widzenia zagrożenia ludzi zamieszkujących skażony teren mało istotne jest źródło skażenia, a istotne jest jak dużą dawkę promieniowania mogą otrzymać. Czujniki projektu Radioactive@Home mierzą promieniowanie Beta oraz Gamma i przeliczają je automatycznie na otrzymaną dawkę równoważną (PS/h).
Spotyka się różne jednostki promieniowania, kiedy i jak należy mieć podwyższoną ostrożność?
KP: Średni poziom promieniowania rejestrowany przez nasz serwer bardzo rzadko przekracza 0.20μSv/h, natomiast uważa się, że dłuższa ekspozycja na 1Sv/h prowadzi do ostrej choroby popromiennej. Wchłonięcie dawki 200mS/h uznaje się jako groźne dla zdrowia.
W dobie cyfryzacji znalezienie dobrej informacji staje się kłopotliwe, czy mają Państwo na stronie informacje co robić jeżeli promieniowanie przekroczy określony próg, np.: poleca się nie wychodzenie z domów?
KP: W tej chwili takich informacji nie posiadamy. Staramy się udostępniać informacje, niestety brakuje nam osób, które potrafiłyby stworzyć materiały popularyzatorskie na odpowiednim poziomie merytorycznym. Jednakże dla osoby zainteresowanej tematem wiele interesujących informacji znajduje się na forum projektu (w języku angielskim).
Dla naszych czytelników, może Pan powiedzieć krótko jak przystąpić do projektu
KP: Do projektu można przystąpić na trzy sposoby:
- Poprzez samodzielne zbudowanie własnego czujnika. Wszystkie schematy urządzenia, rysunek płytki oraz oprogramowanie (także w postaci kodu źródłowego) są udostępnione na stronie projektu zgodnie z ideą Open Source/Open Hardware.
- Poprzez tzw. Zbiórki, które administratorzy ogłaszają co pewien okres czasu. W tym przypadku zbieramy środki na pewną ilość (200-300) detektorów, po czym budujemy i wysyłamy całą serię do osób, które wpłaciły pieniądze.
- W chwili obecnej koncentrujemy się nad zbudowaniem serii ok. 100 czujek wykorzystując własne pieniądze i mamy nadzieję wkrótce uruchomić sprzedaż w sklepie internetowym Fundacji BOINC Polska, którą powołaliśmy do życia w tym roku m.in. w tym celu.
Znalazłem informacje, że czujnik, który Państwo promujecie kosztuje niecałe 30 euro (ok. 120 zł). Dlaczego jest on taki tani jeżeli komercyjnie dostępne np.: liczniki Geigera-Millera kosztują od 600 do 3000 zł? Czy oznacza to, że czujnik ten jest nie skalibrowany lub gorszy?
KP: Jak powiedziałem wcześniej, jednym z założeń projektu jest utrzymanie jak najniższej ceny. Dlatego użycie czujników komercyjnych praktycznie nie wchodziło w grę i zdecydowaliśmy się na skonstruowanie własnego modelu opartego na podzespołach (stosunkowo) łatwo dostępnych, co ma duży wpływ na cenę. Oczywiście, osoby zaangażowane w projekt nie osiągają ...
Dalsza cześć artykułu jest po zalogowaniu się w wersji PDF 1-2/2013 Otwarte Innowacje
Napisz komentarz (0 Komentarzy)Inwestycje w Innowacje (InI)
Z tym numerem zaczynamy nowy dział dotyczący inwestowania oraz realizacji innowacyjnych pomysłów. Dział ten ma na celu umożliwienie rozwoju pomysłów, nie tyle przez finansowanie, ale poprzez znalezienie odpowiednich osób, które chcą przejść lub włączyć się w projekt, także finansowo. Czasem projekty mogą być bardzo ryzykowne, a czasem będzie opisana nisza branżowa, w której można rozwinąć działalność. Dzielenie się pomysłami publicznie wiąże się z ryzykiem przejęcia pomysłu, ale ufając, że nasi czytelnicy postępują fairplay, realizując pomysł już w grupie oraz korzystając z kontaktów. Daje to jest o wiele większa szansa sukcesu, zarobku, promocji.
Dzisiaj prezentujemy „przenośną stację kontroli radiologicznej" - stacja jest wykonana w postaci automatu, kiosku do której wrzuca się monete i która umożliwia pomiar rzeczy i stwierdzenie czy promieniowanie tej rzeczy jest wyższe od tła czy niższe. Ponieważ dużo rzeczy jest z eksportu – zabawki, jedzenie i brakuje łatwego sposobu sprawdzenia bezpieczeństwa produktu, wydaje się sensowne postawienie w dużych miastach lub w centrach handlowych takiego typu urządzenia do automatycznego sprawdzania. Przy automatyce można wykluczyć czynnik ludzki. Osoby chętne do udziału w projekcie proszone są o kontakt przez nasze czasopismo Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.. Pomysł RootInnovation sp. z o.o, a inspiracją była rozmowa z panem Krzysztofem Piszczekiem z projektu Radioactive@Home.
Dalsza część jest dostępna w PDF po zalogowaniu się 1-2/2013 Otwarte Innowacje
Napisz komentarz (0 Komentarzy)Stacja monitorująca ISWSP GAMMAVO
Ocena użytkowników: 5 / 5
Wywiad z Jakubem Goliaszem.
Kolejny przykład monitorowania skażenia promieniotwórczości, którego początki sięgają roku 2009, czyli daleko przed awarią w Fukushimie jest stacja znajdująca się w Bielsku Białej. Twórcą tej stacji jest pan Jakub Goliasz, któremu zadaliśmy kilka pytań.
Dalsza część artykułu dostępna wersji PDF po zalogowaniu się Otwarta Innowacja 1-2/2013
Napisz komentarz (0 Komentarzy)Spotkanie z Praktycznym Modelowaniem i nie tylko
Serdecznie Państwa zapraszamy do wzięcia udziału w praktycznych zajęciach dotyczących modelowania molekularnego i nie tylko mające na celu na uczenie, oraz przeprowadzeniu cyklu szkoleń dotyczących modelowania i rozwiązywania problemów naukowych.
Szkolenia będą prowadzone przez fachowców ze swojej dziedziny, którzy krok po kroku poprowadzą lub doradzą wykonywaniu zadań. Związku z tym, że staramy się podejmować wyzwania oraz dopracowywać innowacyjne techniki szkoleń nie sugerujemy terminów grupy szkoleń zostaną otwarte po zapisie minimalnej liczbie osób – które zaproponują termin w drodze głosowania większości on line. Dodatkowo wprowadzamy niewielkie opłaty w celu pokrycia kosztów szkolenia oraz przygotowania materiałów drukowanych. Szkolenia przygotowywane są jako webinaria wraz z praktycznym rozwiązywaniem problemu. Jeżeli zajdzie taka potrzeba wówczas możemy przygotować w określonym ośrodku szkolenia
Dalsza część informacji dostępna jest w wersji PDF po zalogowaniu się - Otwarta Innowacja 1-2/2013
Napisz komentarz (0 Komentarzy)
300 patentów i 10 publikacji rocznie, rynki 10 krajów
Wywiad z Ashim
Rozmawiam z Ashim pracującym w jednej z indyjskich korporacji zrzeszających kilkanaście firm dotyczących różnych obszarów gospodarki (firmy usługowe oraz produkujące elementy i gotowe urządzenia). Owa grupa rocznie pozyskuje 300 patentów, publikuje około 10 artykułów oraz sprzedaje produkty w ponad 10 krajach
Pełny tekst dostępny jest po zalogowaniu się 1-2/2013 - Otwarte Innowacje
Napisz komentarz (0 Komentarzy)
Instalacje odsiarczania spalin - stosowane materiały konstrukcyjne oraz metody ich badania
Monika Łukaczyńska
Związki siarki obecne w powietrzu stanowią znaczący problem dla środowiska. Ich głównym źródłem jest spalanie paliw kopalnych węgla brunatnego i kamiennego. W celu zmniejszenia zawartości zanieczyszczeń w atmosferze stosowane są instalacje odsiarczania spalin (IOS). Najczęściej wykorzystuje się jedną z trzech metod: suchą, półsuchą i najbardziej popularną mokrą.
Proces odsiarczania oparty jest na absorpcji dwutlenku siarki na absorbencie, a następnie na usunięciu z układu powstałych produktów jakimi są siarczany(VI) wapnia lub magnezu oraz wykorzystywany komercyjnie gips. Nieodłącznym elementem instalacji jest absorber, w którym panuje agresywne środowisko związane ze skraplaniem kwasów z zanieczyszczonych gazów spalinowych. Konstrukcja absorbera narażona jest na działanie korozji i erozji, w związku z czym konieczne jest zabezpieczenie jej przed uszkodzeniami. W tym celu stale węglowe wykorzystywane jako materiały konstrukcyjne pokrywa się samowulkanizującymi powłokami gumowymi. Najpowszechniej stosowanymi wykładzinami są gumy bromo i chlorobutylowe, czasami wzmacniane krótkimi ciętymi włóknami szklanymi, co powoduje poprawę ich właściwości fizykochemicznych. Dzięki modyfikacjom powłoki te mogą pracować w agresywnych środowiskach IOS kilkanaście lat.
Prowadzone są liczne badania, których zadaniem jest sztuczne starzenie gum w celu przewidywania ich zachowania podczas pracy w agresywnych warunkach. Jako metody badawcze wykorzystuje się elektrochemiczną spektroskopię impedancyjną oraz badania w komorach korozyjnych w środowiskach symulujących warunki panujące w instalacjach odsiarczania spalin. Ponadto powłoki gumowe badane są pod względem przenikania wilgoci, zmian twardości, wytrzymałości przy zrywaniu oraz zmian struktury wewnętrzne ...
Pełny Artykuł dostępny jest w postaci PDF po zalogowaniu się 1-2/2013
Napisz komentarz (0 Komentarzy)Coś z niczego – niecodzienna wystawa „Bez(Do)Mnie”
Wywiad z Aleksandrą Omiotek z Koła Naukowego „Humanizacja Środowiska Miejskiego” (Wydział Architektury Politechniki Wrocławskiej). Rozmawia Karolina Mokrzycka.
Czytaj więcej: Coś z niczego – niecodzienna wystawa „Bez(Do)Mnie”
Napisz komentarz (0 Komentarzy)Badanie mikrostruktury oraz rozkładu powierzchniowego pierwiastków stopu NiMnGa
Stop NiMnGa należy do grupy materiałów SMART, których właściwości ulegają zmianie pod wpływem pola magnetycznego. Stop charakteryzuje się magnetostrykcją liniową (do 6% wydłużenia), pamięcią kształtu oraz magnetokalorycznością. Materiały o takich właściwościach znalazły swoje zastosowanie w przemyśle na przykład jako czujniki służące do pomiaru wielu parametrów: siły, wielkości magnetycznych oraz przemieszczenia. Artykuł przedstawia badania materiałowe przeprowadzone na próbce monokryształu NiMnGa w stanie dostarczenia za pomocą skaningowego mikroskopu elektronowego. Uzyskane wyniki mają w przyszłości przyczynić się do opracowania konstrukcji aktuatora z wykorzystaniem tego materiału.
Czytaj więcej: Badanie mikrostruktury oraz rozkładu powierzchniowego pierwiastków stopu NiMnGa
Napisz komentarz (0 Komentarzy)Strona 14 z 15
